A High-Density Admixture Map for Disease Gene Discovery in African Americans

(Smith MW et al. Am.J.Hum.Genet. 74:1001-1013,2004)FYというサイトはアフリカンは持っておらず最も情報量が多い。ので、これを検出力の基準(1)とする。相対的に評価してpower>0.6くらいで大体検定可能となる。 <?>今回解析に使ったマーカーはSNPだ…

Methods for High-Density Admixture Mapping of Disease Genes

(Patterson et al. Am.J.Hum.Genet.74:979-1000,2004) Admixture Mapping --aka."mapping by admixture linkage disequilibrium, MALD"

Admixture mapping

ステム

膜貫通型分子にあるstemと呼ばれる構造、あれが気になって仕方ない。stemは分子の膜発現の安定化に重要らしいが、それも人伝いに聞いただけの情報だし、stemの機能についてもっと知りたいと思って詳しく解析した論文がないか探したこともあるのだが、意外に…

被験者バイト

先日申し込んだfMRIの被験者バイトに行ってきた。 予定より早く研究所につくと、待ち時間なしでさっそく実験開始。実験室に入る前に、時計そのほか金属類を外す。室内は、心臓の拍動音に似た音がズンチャズンチャとリズミカルに鳴り響いている。これは、装置…

RA患者さんのページ

こういう方こそ、ブログに向いていると思う。処方される薬や症状の変化など、教科書から得られない生でリアルな知識が基礎系の学生にも伝わってきます。それにしてもすごく積極的な方だと思う。http://www.ioctv.zaq.ne.jp/sugimura/profile.html

ヒトの遺伝子は2.2万個

6カ国の共同研究によるヒトゲノム解析の結果、従来、約3.2万個と予測されていた遺伝子の総数が約2.2万個であることが判明した。これはショウジョウバエと同じぐらいの遺伝子数になる。理化研や慶応大を含む日米英仏独中の国際研究グループが本日付の英科学…

リンク整理中。

・The Biology Project →アリゾナ大学の学生向けサイト。クイズあり、アニメーションありで大変わかりやすく教育的です。ただしゆっくり読んでいられないというのが実情。・http://www.kdcnet.ac.jp/naika/ →神奈川歯科大学内科学教室のサイト。講義資料pdf…

ACR 68th Annual Meeting

ACR 68th Annual Scientific Meeting (Oct. 17-21, 2004 in San Antonio, Texas) 本当は演題出せたのだけれども、昨年は学会疲れで参ったので今年は行かないことに。来週はラボが閑散としそう。ACRはお祭りみたいで楽しいんだけどね。一人旅が好きなので他…

大学の資金運用は国債で

国内銀行のサイトをあちこち見て回っていると、金利の低さには改めてため息をつかされる。預金1に対してつく利息が0.00002??いくら何でもゼロの数が多すぎやしないか?自分が子供の頃は、お年玉を預けっぱなしにしていただけで、ちょっとしたお小遣いにな…

サイエンスとメディア

夜、NHKスペシャル「秘境シルクロード・カナス 森と伝説の湖」を見た。見事な映像がふんだんに盛り込まれていて、ついつい最後まで見入ってしまった。この番組中で、アカシカという体重300キロを越える大型のシカの進化について研究している新疆大の教授が登…

午後

"Replication protein A intracts with AID to promote deamination of somatic hypermutation targets"(Chaudhuri et al. Nature,vol430,pp992-998,2004)...この論文は難しかった。[メモ] ・RPA(Replication Protein A):RPA70,RPA32,RPA14でヘテロトリマ…

午前

タイトル忘れた。Bloodからの論文。ベトナム人はこのジャーナルが好きだ。(←ベトナムは白血病の研究が盛んだからこれは当然。きっと、ベトナム戦争による影響がその背景にあるのだろう。まったくもって因果なことである。)FISHなんか使って転座部位を確認…

実験三昧

ひたすら単純作業の繰り返し。早くデータをまとめたい。

AB9700の診断

先日書いたとおり、PCRをかけて反応が終わった頃に「ERORR:FATAL-HEAT SINK IS TOO HOT」というエラー表示がしばしば出るようになったので、業者さんに診断プログラムのかけ方を教えてもらった。やり方は以下の通り: フタをしてF4(Utility)→F1(Diagnosis…

被験者バイト(Vol.3)

実験担当の先生のところへ行って同意書の記入などの事務手続とコンピューター画面を見ながらの実験練習。案外難しい。全部で一時間ほどかかった。「MRIの中はドラム缶に入って外からガンガン叩かれているようなくらいうるさいですけど大丈夫ですか?」と聞か…

平凡な一日

今日も朝から雨。 夜中じゅう作業をしていたのでほとんど寝ていない。 土曜の実験結果はOK。この条件で数をこなそう。

祖母の白内障手術

大雨のため外出せず。 先週、祖母が白内障の手術を右目だけ受けた。病院嫌いでほとんど見えなくなるところまで放置していたため、少し複雑な手術になったと聞いた。しかし、痛みがとれるのが早くて安心したせいか、祖母は手術後2日目にして、洗ってはいけな…

アクセス解析

shinobiはロゴの手裏剣がクルクル回るのが気になるので、無難なデザインの"アクセスアナライザー"にしよう。どうやってタグ貼ればいいのだろう。→設定で、サイドバーのところ(フッター)にタグを貼って解決。いかがですか?

実験再開。

一週間でどれだけ実験量をこなせるか試したい。

メモ(シンポジウム、ラボ)

・オークラでシンポジウム 12月にホテルオークラでゲノム関連のシンポジウムが行われるそうだ。スポンサーは武田。これは是非行きたいな!後日レポートします。・機械が不調 AB9700に、最近"Fatal Error"としばしば表示されるようになった。業者さんに相談。…

米・原住民の歴史と免疫疾患

南東部に住んでいたアメリカ原住民たちは、white peopleがアメリカにやって来てから立ち退きを迫られた。すると、オクラホマに移住したある集団*1 では強皮症(SSc)がかなりの高罹患率で発症。移住した集団のサイズが小さかったために、疾患感受性遺伝子を…

共同研究者が来た

スタンフォードの共同研究者が来日。セミナーの前に一時間半ほど研究の打合わせを行った。こちらのほうは全然進んでいないので肩身が狭い。セミナーを聞いて、そのあまりのレベルの高さに圧倒されて言葉を失った。ボス2が「アナタ、彼らの役に何か立てそう…

被験者バイト(Vol.2)

さっそく昨日登録した被験者バイトの日程が決まった。「今回は実験課題が難しいので実験前日までに当研究室で練習をしていただきます。(30分-1時間程度)」。 そうか、、練習があるとは(>実験1 retinotopic mapping →視覚野V1,V2,V3,V3A,V5,VP,V4を描出…

JCR(2004、No.3)を読んで...

・JCR(日本リウマチ学会)は平成15年から有限責任中間法人格をゲットし、これにより広告可能な専門医(「日本リウマチ学会認定医」)を認定する資格を持つことになった。これまでは任意団体だったので出来なかったらしい。 しかしながら、リウマチというのは…

被験者メーリングリスト登録

仮眠しに行ったある建物の中で、脳機能関連の実験の被験者バイトを募集しているのを見つけた。fMRIには以前から興味があって、自分の脳の画像を見てみたいと思っていたのでこれはいいチャンスと早速メールで問い合わせてみた。実験は、信濃町の小川脳機能研…

東大佐々木総長再選ならず

自分にはあまり関係のないことだが、佐々木毅現総長になってから、東大はUTブランドのプロモーションにようやく真剣に取り組み始めたなと良い印象を持っていただけに、さあこれからという段階でトップが替わってしまうのは残念な気もする。小宮山宏次期総…

ブログはじめました

本サイト"at-risk student’s personal log"は来年フリーターになりそうなダメ院生による日記です。現在、自己免疫疾患の勉強をしています。 追記(10/3): http://faculty.gvsu.edu/patterna/atrisk.htmlを読んで、「at-risk student」という言葉はダメ学生と…

テーラーメードの実用例

本日の日経新聞の科学面の記事から覚え書き。 [テーラーメード医療の実用例] ・ハセープチン 乳がん治療薬。事前に遺伝子配列をチェックしてある程度効き目を予測できる---ようだが、記事には具体的なことは書かれていない。詳細は自分で調べるしかないよう…

DNAチップの耐久性向上

本日の日経新聞の記事。岸本産業と産総研が共同で耐久性5倍のDNAチップを開発したそうだ。岸本産業の精密機器などの保護被膜技術を応用して、DNAと親和性の強い高分子被膜を「化学蒸着」という手法でチップに付けた。これにより、一度張り付いたDNAが5倍ほど…